O Campeonato Brasileiro da Série C será disputadoa em quatro fases. Na 1ª fase, os 20 clubes serão divididos em quatro grupos regionalizados de cinco times cada. As equipes jogarão dentro do próprio em turno e returno, classificando-se os dois primeiros de cada chave.
Na 2ª fase (quartas-de-final), os oito clubes classificados na 1ª fase serão divididos em quatro grupos de dois clubes, que se enfrentam em ida e volta, dentro de cada grupo. Classificam-se quatro vencedores para a fase seguinte.
Na 3ª fase (semifinais), os quatro clubes classificados na 2ª fase serão divididos em dois grupos de dois clubes cada. Os times jogam em ida e volta, dentro de cada grupo, classificando-se dois vencedores para a fase seguinte.
Na 4ª fase (final), os dois clubes classificados na 3ª fase jogam entre si em ida e volta, decidindo o título de Campeão Brasileiro da Série C de 2009.
Ao final do campeonato os quatro clubes que tenham disputado a 3ª fase (semifinais) ascenderão à Série B de 2010. Já o último colocado de cada um dos grupos ao final da 1ª fase descerá para a Série D de 2010, totalizando quatro rebaixados.